El Instituto Social de la Marina (ISM) se organiza de manera jerárquica, con órganos centrales de dirección y control, así como direcciones provinciales y oficinas locales para la gestión a nivel local. A nivel central, cuenta con un órgano de participación en el control y vigilancia de la gestión, como el Consejo General y la Comisión Ejecutiva, y otro de dirección y gestión. En el ámbito periférico, se organiza a través de direcciones provinciales, que a su vez tienen direcciones y oficinas locales.